گروه‌های علمی، مدیریت علمی همه رشته‌ها و گرایش‌های تحصیلی در سطوح دو، سه و چهار را برعهده دارند. هم‌اکنون 9 گروه علمی: فقه و اصول، فلسفه، کلام، تفسیر و علوم قرآن، اخلاق و تربیت اسلامی، ادبیات عرب، تاریخ اسلام، مطالعات اسلامی زنان و تبلیغ با گرایش حج در جامعةالزهرا سلام‌الله‌علیها مشغول به فعالیت و برنامه‌ریزی علمی برای طلاب هستند.