جامعه‌الزهرا(سلام‌الله‌علیها) در سال 1363 به فرمان حضرت امام خمینی(رحمه‌الله‌علیه) تشکیل شد. پیش زمینه شکل‌گیری آن هم به دهه 50 باز می‌گردد که مراکزی در قم برای تحصیلات حوزوی خواهران به صورت خودجوش و با حمایت برخی بزرگان و حوزویان راه افتاده بود که هر کدام از این مراکز شرایط و برنامه‌های خاص خود را داشتند و با هم ارتباط چندانی هم نداشتند. این مراکز غیر رسمی که مکتب نامیده می‌شدند عبارت بود از مکتب توحید، مکتب علی(علیه‌اسلام)، مکتب هجرت، مکتب فاطمه الزهرا(سلام‌الله‌علیها)، مکتب زینب(سلام‌الله‌علیها)، مکتب زهرا(سلام‌الله‌علیها). بزرگترین و پرجمعیت‌ترین آنها مکتب توحید بود که از سوی مرحوم آیت‌الله قدوسی و با همکاری مرحوم آیت‌الله شرعی تاسیس شده بود و اداره می‌شد.
در اواخر دهه 50 و اوایل دهه 60 حضرات آیات فاضل لنکرانی، سیدمحمد ابطحی کاشانی و شرعی، احداث بنای مفصلی در زمینی به مساحت تقریبی چهار هکتار در حدفاصل سه راه سالاریه و رودخانه قم را آغاز کردند تا فضایی برای تحصیلات حوزوی خواهران فراهم کنند. در اواسط کار این مساله را خدمت حضرت امام خمینی (رحمت‌الله‌علیه) مطرح می‌کنند تا نظر ایشان را نسبت به این امر بدانند. حضرت امام با اطلاع از این قضیه، بسیار قوی وارد صحنه می‌شوند و با صدور فرمانی، تاسیس موسسه‌ای برای تعلیم و تربیت اسلامی بانوان را مطرح و هیات مؤسسی مرکب از هفت نفر از علما برای آن منصوب می‌کنند. اعضای هیات مؤسس عبارت بودند از حضرات آیات محمد فاضل لنکرانی، علی مشکینی، سیدعبدالکریم موسوی اردبیلی، محمدعلی شرعی، احمد جنتی، شیخ حسن صانعی و محمدرضا توسلی.
بنیانگذار جمهوری اسلامی از همان ابتدا بر متمرکز شدن مراکز تحصیل علوم دینی بانوان در جامعه‌الزهرا (سلام‌الله‌علیها) تاکید داشتند از این رو مکاتبی که در قم در این زمینه فعالیت می کردند با پیگیری هیات موسس به این موسسه علمی ـ آموزشی ملحق شدند.
حجت الاسلام والمسلمین سیدمحمدرضا طباطبایی نخستین مدیر جامعه‌الزهرا(سلام‌الله‌علیها) بود که از سوی هیات موسس انتخاب شد و حجج اسلام والمسلمین محمود محمدی عراقی، علی رازینی، محمدعلی نظام‌زاده، سیدعلیرضا صدرحسینی، علی مؤیدی به همراه مدیر منتخب، نخستین هیات مدیره این موسسه علمی را با انتخاب هیات موسس تشکیل دادند که البته بعدها آقایان صدر حسینی و مؤیدی کناره‌گیری کردند و حجج اسلام والمسلمین مصطفی پورمحمدی و کمال‌الدین خدامی و سرکار خانم‌ها فریده مصطفوی (صبیه حضرت امام)، مرضیه معینی و معصومه گلگیری به تدریج بر جمع اعضای هیات مدیره افزوده شدند.
تدوین برنامه درسی و سرفصل‌های متناسب با نیاز بانوان از مهمترین اقدامات هیات مدیره بوده است به گونه‌ای که در سال 1370 برنامه جدید مصوب و به تایید رهبر معظم انقلاب نیز رسید. بر این اساس اکنون جامعه‌الزهرا (سلام‌الله‌علیها)
در سطوح دو(کارشناسی)، سه(کارشناسی ارشد) و چهار(دکتری) به صورت حضوری، غیر حضوری و مجازی پذیرای خواهران علاقه‌مند به فراگیری علوم دینی است.
احداث ساختمان جدید جامعه الزهرا(سلام‌الله‌علیها) در سالاریه به دلیل عدم تناسب ساختمان قدیمی این موسسه با نیازهای آموزشی و کمبود فضا با توجه به استقبال روزافزون بانوان برای تحصیل در این موسسه علمی از دیگر اقداماتی است که در طول سی سال گذشته انجام شده است.
در سال 1380 و در پی استعفای هیات موسس، رهبر معظم انقلاب اسلامی در حکمی ساختار هیات امنایی را برای جامعه الزهرا(سلام‌الله‌علیها) لحاظ کردند و اعضای هیات مدیره آن زمان به اضافه مدیر حوزه علمیه قم و دو نفر از علما به انتخاب شورای عالی مدیریت حوزه را به مدت پنج سال به عنوان هیأت امنا منصوب کردند تا عهده‌دار کلیه وظایف هیأت موسس و هیأت مدیره باشند. آيات مقتدايي، شرعي و حسيني بوشهري در چارچوب جديد به عضويت هيات امنا درآمدند.
در تير ماه ۱۳۹۲ در پي تشكيل شوراي سياستگذاري حوزه‌هاي علميه خواهران و استعفای حجت‌الاسلام والمسلمین طباطبایی از مدیریت جامعه‌الزهرا(سلام‌الله‌علیها) هيات امناي جديد متشكل از حجج اسلام والمسلمين رباني (رئيس)، اميني (نايب رئيس)، طباطبائي، شمالي، بهجت‌پور، جمشيدي، رحيميان و هاشميان و سركار خانم‌ها معيني، گلگيري، داوودي از سوی رهبر انقلاب منصوب و حجت‌الاسلام والمسلمین هاشمیان در فرودين ۱۳۹۳ از سوی هيات امنا انتخاب و مدیریت جامعه‌الزهرا(سلام الله علیها) را بر عهده گرفت.
در دی ماه 1395 هیات امنا با استعفای حجت الاسلام والمسلمین هاشمیان موافقت کرد و حجت الاسلام والمسلمین سید محمود مدنی را به سمت مدیریت جامعه الزهرا(سلام الله علیها) منصوب کردند که این امر با موافقت و تنفیذ رهبر معظم انقلاب اسلامی همراه بود.
پس از پایان مدت حکم مدیریت حجت‌الاسلام‌والمسلمین مدنی در بهمن‌ماه 1399 با حکم هیات امنا حجت‌الاسلام‌والمسلمین دیانی سرپرست اداره این مجموعه علمی آموزشی شد و در تاریخ 5 خردادماه 1400 سرکار خانم سیده زهره برقعی بر اساس پیشنهاد هیات امنا و شورای سیاست‌گذاری و تائید رهبر معظم انقلاب اسلامی به‌عنوان مدیر جامعه الزهرا علیهاالسلام منصوب شد.
جامعه‌الزهرا(سلام‌الله‌علیها) اکنون به عنوان بزرگترین حوزه علمیه خواهران در جهان تشیع پذیرای جمع کثیری از خواهران علاقه‌مند به تحصیل علوم دینی در سه سطح آموزشی است. طلاب مقطع سطح دو تا 160 واحد درسی را به صورت عمومی پشت سر می‌گذارند و با توجه به علاقه خود به یکی از مباحث علمی، 30 واحد را به صورت تخصصی آموزش می‌بینند تا در مقطع سطح سه وارد یکی از مراکر تخصصی قرآن و حدیث، فقه و اصول، حکمت اسلامی، اخلاق و تربیت اسلامی، ادبیات عرب، تاریخ، تبلیغ یا مطالعات زنان شوند و درصورت موفقیت در این مقطع می‌توانند وارد مقطع سطح چهار در یکی از این رشته‌ها شوند و به تحصیلات خود ادامه دهند.
این موسسه علمی ـ آموزشی هم اینک ضمن دارا بودن محیط‌های مختلف آموزشی و پژوهشی، از مهدکودکی بزرگ و مجهز با ظرفیت بیش از هزار کودک، مجتمع آموزشی هدی شامل دبستان تا دبیرستان، دانشکده هدی با رشته‌های علوم قرآن و حدیث، فلسفه، حقوق، شیعه شناسی و روان‌شناسی و مجتمع ورزشی شهیده فهیمه سیاری با رشته‌های مختلف ورزشی ویژه بانوان برخوردار است و محیطی امن و آرام برای بانوان علاقه‌مند به تحصیل علوم دینی فراهم کرده است.
